Мiсiя ООН у Суданi (UNMIS – United Nations Missionin Sudan) почала дiяти у 2005 роцi на пiдставi резолюцii Ради Безпеки ООН № 1590 вiд 24 березня 2005 року. Проголошення незалежності Республіки Південний Судан стало свого роду кульмінацією шестирічного мирного процесу, який почався із підписання мирної угоди (Comprehensive Peace Agreement) 9 січня 2005 р. урядом Судану і Народно-визвольною армією Судану про припинення збройного конфлікту, який тривав протягом двох десятиліть.
Міжнародна миротворча місія ООН у Судані (МООНС) забезпечувала дотримання основних вимог мирної угоди, включаючи проведення референдуму стосовно визначення політичного статусу Південного Судану.
9-15 січня 2011 року відбувся референдум стосовно визначення політичного статусу Південного Судану. 98.83% населення проголосували за незалежність.
Генеральний секретар ООН Пан Гі Мун надав схвальні відгуки стосовно результатів проведеного референдуму, який у повній мірі відобразив волю народу Південного Судану. Визначивши, що ситуація у Південному Судані продовжує становити загрозу для міжнародного миру і безпеки у регіоні, Рада Безпеки ООН постановила заснувати з 9 липня 2011 року Місію Організації Об’єднаних Націй у Південному Судані (МООНПС) на початковий період у один рік з можливістю продовжити строк її дії, якщо виникне необхідність.
Департаментом миротворчих операцій ООН у Нью-Йорку (UN DPKO) було прийнято рішення розгортати не нову мiсiю, а використати вже існуючу інфраструктуру МООНС. До зони відповідальності нової місії МООНПС увійшла вся територія Південного Судану.
Завданнями нової місії від 2011 року були визначені численні заходи сприяння уряду Південного Судану в становленні нової держави, розвиток та укріплення правоохоронної системи, сил безпеки та армії, тренування національних інституцій в ключових галузях державного управління, укріплення здатності уряду забезпечити безпеку й верховенство права.
У середині грудня 2013 року в Південному Судані спалахнув новий конфлікт між представниками домінуючої народності Дінка, до якої належав президент Сальва Кіїр, і племені Нуер, яке представляв віце-президент Рієк Мачар. У серпні 2015 року Кіїр і Мачар підписали мирну Угоду, а в січні 2016 року домовилися про створення перехідного уряду національної єдності. Але у липні 2016 року в столиці відновилося збройне протистояння між силами президента та формуваннями першого віце-президента країни. В ході сутичок навколо бази ООН в Джубі загинуло два миротворця ООН із Китайської Народної Республіки, ще щонайменше восьмеро миротворців було поранено. ООН звинуватила війська Південного Судану у масових вбивствах та насильстві по відношенню до мирних жителів. Внаслідок загострення внутрішньо-політичної ситуації, 12 серпня 2016 року Рада Безпеки ООН санкціонувала введення в країну додаткових військових підрозділів у кількості до 4000 миротворців.